吴沛新，男，汉族，1972年11月出生，江苏徐州人。1993年12月加入中国共产党，1996年7月参加工作。

1991年9月至1996年7月在西安交通大学（原西安医科大学）医疗系临床医学专业学习，毕业后历任原卫生部、原国家卫生计生委、国家卫生健康委科技教育司干部、副处长、处长、副司长等职务。长期从事高等医学教育管理、毕业后医学教育与继续医学制度建设与实施、卫生健康科技政策与规划制定与实施、卫生健康领域国家科技专项和公益性行业科研专项等科技计划项目的组织管理、高新卫生技术政策制定与评估管理、生物安全制度体系建设与监督管理等工作。具有丰富的卫生健康科技教育政策研究与管理工作经验。2019年6月任中国医学科学院北京协和医学院党委书记、副院校长。

全面主持中国医学科学院北京协和医学院党委工作，协助管理院校行政和日常工作。全面负责院校党委工作、研究生教育、继续教育、人事等方面工作。分管党委办公室、组织部、宣传部、研究生院各职能部门、继续教育处（继续教育学院），协助管理人力资源处。联系医科院肿瘤医院、医科院整形外科医院（整形外科研究所）、北京协和医学院培训中心、北京协和医学院教育基金会、北京协和医学院校友会。